มูลนิธิวิจัยและพัฒนาการเงินการคลังจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 กันยายน 2556 โดยอธิบดีกรมบัญชีกลางในขณะนั้น (นายมนัส แจ่มเวหา) และผู้บริหารระดับสูงของกรมบัญชีกลางมีความคิดเห็นร่วมกันว่า ควรจัดตั้งองค์กรที่เป็นนิติบุคคลขึ้นองค์กรหนึ่ง เพื่อทำหน้าที่สนับสนุนการทำงานของกรมบัญชีกลาง เพื่อให้การทำงานมีประสิทธิภาพและคล่องตัวมากขึ้น จึงได้จดทะเบียนตั้งมูลนิธินี้ขึ้น